Ittoki Sakuraba gagal memahami mengapa ibunya, pamannya, dan teman masa kecilnya, Kousetsu, tampaknya menganggap keamanannya begitu serius. Kousetsu terus-menerus mengikuti dan mengamatinya tanpa memperhatikan privasinya, hanya berfokus untuk menjaganya tetap aman setiap saat. Tapi perburuan yang konsisten mulai masuk akal ketika seorang siswa tahun kedua yang menggemaskan di sekolah menengahnya, Satomi Tsubaki, mengajak Ittoki berkencan. Meskipun awalnya tidak bersalah, niat sebenarnya Tsubaki segera terlihat saat Ittoki mengunjungi rumahnya; dia berencana untuk membunuhnya, dan dia tidak sendiri. Anehnya, yang datang membantunya adalah pamannya dan Kousetsu—mengenakan pakaian ninja mereka yang gelap dan mematikan.
Setelah Ittoki dikawal ke tempat yang aman, ibunya mengungkapkan kebenaran: dia adalah pewaris ke-19 dari klan ninja bangsawan yang dikenal sebagai Iga, dan target pembunuhan oleh klan saingan mereka, Koga. Untuk melindungi dirinya dari ancaman baru ini, Ittoki harus mengasah kemampuannya di satu-satunya akademi ninja yang tersisa di Jepang: Akademi Ninja Kokuten.
